褪黑激素的缺乏还表现为下游激素系统的节奏紊乱。褪黑激素分泌过早减少可能是更年期提前到来的一个因素，因为它也会导致性激素减少。褪黑激素对生长激素 HGH（又称 “活力荷尔蒙”）的产生也至关重要，因为如果缺乏褪黑激素，生长激素 HGH 的产生就会减慢。褪黑激素不足还会影响肝脏，导致夜间编程失效。这会导致胰岛素抵抗，最终引发糖尿病。此外，如果因缺乏褪黑激素而缺少一种特定的抗荷尔蒙（ADH），夜间的尿意与白天相同。缺乏褪黑激素对大脑也有重大影响。所有夜间修复机制都会减少。在夜间进行的长期记忆信息保存不再得到支持。这增加了早发性痴呆症和神经退行性过程的易感性。英国专业杂志《眼科杂志》（Journal of Ophthalmology）最近发表了一项关于眼睛老化与褪黑激素分泌之间的惊人关联。测量结果显示，45 岁以后，到达内眼的太阳光减少。这是眼球晶状体轻微变黄和瞳孔缩小的结果。因此，到达视网膜重要细胞的光粒子就会减少，而视网膜细胞可以测量昼夜节律，从而调节我们的内部时钟。研究表明，眼睛老化的变化会导致一些典型的眼部疾病，而这些疾病的病因并不在眼睛本身。眼部功能衰退的后果包括认知缺陷（尤其是记忆能力）、失眠、抑郁和反应迟缓。基于这些事实，人们推测眼睛的变化与褪黑激素分泌紊乱之间存在关联。我们的内在时钟会对明暗变化做出反应，并控制我们的日常节奏。它们为每个器官的昼夜功能提供动力。例如，大脑会将一天中获得的信息储存到长期记忆中，或将其完全删除。这些点火信号经常通过时间生物学的母体激素–褪黑激素来传递。老年人体内的褪黑素水平仅为所需水平的一小部分，这反过来又会影响其他神经递质的浓度。这不仅会导致普遍的彻夜难眠问题，还会影响最重要器官（如肝脏或神经）在一天 24 小时内的实际活动。